孔令辉出生在黑龙江哈尔滨一个普通家庭，父亲是当地乒乓球教练。他6岁开始接触乒乓球，1986年进入黑龙江省队接受系统训练，1988年进入国家青年队，1991年正式入选国家队。

1987年在无锡举办的全国青少年集训中，他和刘国梁相遇并开始合作，两人后来在国际赛场上多次搭档。

1996年亚特兰大奥运会男子双打决赛，孔令辉和刘国梁一起击败上届冠军组合，拿下金牌。

2000年悉尼奥运会男子单打项目，孔令辉又获得金牌，完成个人大满贯成就。这些成绩让他在乒坛站稳脚跟，成为当时重要选手之一。

2006年10月12日孔令辉正式宣布退役，转而担任中国女乒助理教练，开始从运动员向教练转型。

2013年2月26日中国乒乓球队教练组调整，他接替施之皓出任中国女乒主教练一职。在这个位置上，他负责女队日常训练安排和比赛备战工作。

2014年世界乒乓球锦标赛团体赛，女队在他的带领下取得好成绩。

2016年里约奥运会女子团体决赛，女队成功卫冕金牌，他作为主教练参与了整个过程。女单项目也由中国选手包揽前两名，这些结果体现了他在执教期间的具体贡献。

2006年7月21日凌晨，孔令辉驾驶保时捷在北京工人体育馆南门附近与一辆出租车发生侧面刮蹭，现场交警进行酒精检测，结果显示数值超标，相关部门随后依法作出罚款和暂扣驾照处理。

这个事件当时引发公众关注，他作为公众人物受到批评。

2017年5月29日，香港媒体报道新加坡一家赌场经营公司通过香港高等法院起诉，要求追讨孔令辉约250万港元欠款，事由追溯到2015年春节期间他带亲友去新加坡旅游时在当地赌场发生的相关纠纷。

5月30日孔令辉发表公开声明，解释说2015年那次旅游中自己只是陪同亲友进入赌场，并帮忙兑换筹码，留下了包括中国乒乓球协会地址在内的个人信息，并没有亲自参与赌博，对此事感到不安。

同一天，中国乒乓球协会发布公告，认为相关行为不符合公职人员纪律要求，决定暂停孔令辉中国女乒主教练职务，要求他立即回国接受调查。

从那以后，他不再担任国家队任何教练岗位，相关事务由其他教练接手。

2019年2月25日，央视体育资深记者李武军在微博上发布消息。当时国乒教练组完成换届，因为日本女乒实力上升，外界球迷呼吁有经验的教练回归国家队。

李武军专门向孔令辉的恩师尹霄以及老搭档刘国梁询问情况。

尹霄和刘国梁都表示，他们曾经私下联系过孔令辉，认可他在执教方面的能力，希望他能回归帮助女队建设，尤其是在东京奥运备战阶段加强针对性训练安排。

李武军直接引用沟通结果，孔令辉的回复是想安静一段时间，去做一些其他方面的事情。

那之后孔令辉回到黑龙江，在当地一家乒乓球训练基地担任教练，偶尔给年轻选手分享经验。他还自己设计过一批带有乒乓球图案的紫砂壶，参与制作过程。

近年来，他在河南注册了两家体育公司，主要做体育培训和赛事策划工作，同时在重庆开了一家乒乓球俱乐部，偶尔亲自到场指导青少年学员训练。

这些活动都跟乒乓球有联系，但范围局限在地方和民间层面。

2026年1月，中国乒协公布洛杉矶奥运周期国家队教练组名单，总教练是秦志戬，副总教练肖战，男队主教练王皓，女队主教练马琳等，没有孔令辉的名字。

此前2025年12月举行的教练员公开竞聘，43个报名人员中也没有他参与。

这些年孔令辉基本保持低调，不接受媒体采访，也不主动谈论国家队事务。他选择这样的生活方式，专注于自己手头的培训和俱乐部工作。

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